秋冬季節是小龍蝦親本抱卵，孵化和幼蝦生長的重要時期。只有營造好的生存環境提高苗種孵化率，促進蝦苗健康生長才能為來年的豐收打好堅實基礎。蝦稻連作的秋冬管理主要做好以下幾點：餌料投喂，水位水質管理，肥水，栽草等。
1.餌料投喂
秋季是小龍蝦繁殖高峰季節，適當餌料的投喂能提高親蝦的體能和繁殖率，同時還可保證幼蝦有充足餌料，正常快速的生長，為來年豐收打下堅實的基礎。
2.水質水位管理
稻谷收割后要及時灌水30cm左右。稻谷收割前大多數的親蝦都在田地里和田埂邊打洞穴居，親蝦出洞抱卵孵化就取決于稻地灌水的遲早，因此應要及時的灌水，確保親蝦盡早出洞孵化。秋冬季氣溫開始逐漸下降，晝夜溫差大，要謹防苗種凍死。適當的提高水位可以保持水質的清新還可起到保溫防凍減少苗種應激死亡作用。冬天遇到冰凍天氣要及時破冰增氧。
3.肥水
秋季是蝦苗生長發育的重要時期，保持水體的肥滿度可以為幼蝦提供天然餌料增強體質，還可以起到保溫的作用，減少苗種應激反應。平衡水體的藻相與菌相，減少病害發生。補充水體的營養和微量元素，增強苗種抗病能力，還能有效預防青苔發生。為水草提供營養肥源，促進其生長發育同時可以滿足水草的對營養的需求，促進水草的生長發育。
4.水草移栽
蝦塘中種植的水草主要有苦草、輪葉黑藻、伊樂藻，水花生等幾種，水草種植要求2-3個優勢種，浮水性植物和沉水性植物相結合，避免單一。 秋季是移栽伊樂藻的好時期，移栽伊樂藻的位置最好是蝦塘的淺水區，將水草切成為15cm左右的長度小段，在直接插入塘底。苦草可采用播種法，播種時保持水位在10cm左右，將苦草種子加入10倍的細沙土拌勻經行均勻撒播，每畝播種量約0·3斤。水草移栽和播種后要加強理使其盡快成活。