小龍蝦由于其生理特性和生態環境與魚類不同，所以在疾病防治方面也有許多不同點，目前的防治原則還是以防為主，防重于治，具體主要注意以下幾方面：
一、藥物預防
藥物預防主要是做好消毒處理，采用生石灰等消毒劑，另外在平時的管理中應重點加強活動區域的消毒處理，適當投喂藥餌。以上藥物的潑灑時間應遵守以下原則：缺氧時不用，一般在晴天上午9-10點用;連續用藥時間不宜太長，不能超過3天;如用其他藥物治療疾病，最好10天后再用。
二、非藥物預防
小龍蝦與其他蝦類一樣，對魚藥的抗耐性較差，所以生態防治方法尤為重要，尤其是池塘魚蝦蟹混養，平時運用有益的預防方法，不僅能減少開支，而且能提高產量。
(1)改善棲息環境，加強水質管理
主要是清除過厚淤泥，勤換水，種植水生植物，使水體中物質始終處于循環狀態，不投腐敗變質的飼料，解決池塘老化等問題。
(2)施用生物改良制劑
在水溫25℃以上時，可以選擇的使用一些生物改良劑，使用方法可參照說明書。現在的生物改良劑有許多，一般不會對蝦類產生危害。另外也可以投放一些蚌或螺調節水質，或者是花白鰱魚苗。
三、防治白斑綜合癥病毒
在4月下旬左右，如發現養殖的小龍蝦出現不攝食，反應遲鈍，應激能力較弱;螯及附肢無力;血淋巴不易凝固，肝胰腺顏色淡黃，腹節肌肉蒼白;頭胸甲部位出現白斑等癥狀，極有可能已感染白斑綜合癥病毒，需要及時加以控制，進行必要隔離，及時清除病死蝦，并深埋處理，用二氧化氯等消毒劑全池潑灑，進行消毒處理，然后用大蒜素拌飼料連續投喂5天，大蒜素和飼料比例為1:50。同時在發病期間飼料一定要投足，可防止小龍蝦相互殘殺，降低小龍蝦發病率。一般到7月份出梅以后，小龍蝦白斑綜合癥病會自動好轉。