小龍蝦常見的疾病可分為病毒性疾病、細菌性疾病、真菌性疾病與固著類纖毛蟲病等。
1、白斑綜合癥
〖病原〗白斑綜合癥病毒(Whitespot syndrome virus,WSSV)。WSSV為有囊膜的桿狀病毒。
〖主要癥狀〗該病發病急，死亡率高。蝦患病初期停止攝食，隨后有瀕死蝦在池塘邊的水面上游動，其表皮具圓形的白色顆粒或白斑。
〖防治方法〗第一天全池潑灑“精品一元笑”，第二天全池潑灑“聚維酮碘溶液”或“頂典”，第三天全池潑灑“鱖魚康”;外用藥物時同時口服“服爾康+肝膽利康散+酶合電解多維”3～5天。
〖注意事項〗①外界環境應激如高pH或細菌病也可能導致蝦甲殼上出現白斑;②確診患病毒病時不得使用強刺激性藥物;③飼養活動應以避免小龍蝦產生應激為原則。
2、固著類纖毛蟲病
〖病原〗由聚縮蟲、累枝蟲、鐘形蟲等固著類纖毛蟲寄生引起。
〖主要癥狀〗患病蝦行動遲緩，食欲下降，乃至停食。固著類纖毛蟲在蝦體大量寄生后，肉眼即可看見一層灰白色、淺綠色的絨毛狀物，全身粘滿污物，妨礙蝦的活動、攝食、脫殼，影響蝦的生長。患病嚴重時，會影響克氏原螯蝦的呼吸而造成大量死亡。固著類纖毛蟲常寄生于克氏原螯蝦的體表、附肢、鰓等處。
固著類纖毛蟲常與絲狀藻類或其它原生動物共存，在蟲體之間還粘附一些單細胞藻類、有機碎屑和污泥等，從而使寄生部位發生色澤變化，如變為黑色俗稱為“黑鰓”，這與鰓部附著的污物顏色有關。
〖防治方法〗①全潑潑灑“硫酸鋅粉”;②第一天全池潑灑“硫酸鋅粉”，第二天全池潑灑“底立爽”或“中博高”;③第一天全池潑灑“硫酸鋅粉”，第二天全池潑灑“活力66+磷酸氫鈣或磷酸二氫鈣”。
〖注意事項〗①克氏原螯蝦脫殼期間禁止使用藥物全池潑灑;②如克氏原螯蝦體表有大量的絲狀藻類附著時，可在使用“硫酸鋅粉”全池潑灑前，先用一次“苯扎溴銨溶液”全池潑灑;③為預防細菌性疾病感染，建議在潑灑“硫酸鋅粉”后全池潑灑1次“底立爽”或“中博高”。
3、偷死癥
主要癥狀表現為小龍蝦爬于岸邊、活動遲緩、螯足無力、停止攝食等，俗稱為“偷死”。
〖病原〗據報道，該病的病原有副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、嗜水氣單胞菌(Aeromonashydrophila)、弗氏檸檬酸桿菌(Citrobacter freundii)等。
〖主要癥狀〗副溶血弧菌引起的主要癥狀為：病蝦螯足無力，行動遲緩，甲殼外觀無白斑也無其它癥狀，病程發展快，幾天內即大量死亡。解剖可見肝胰臟腫大，顔色變深，甚至壞死;空胃，腸有擁堵、顔色分節現象。
弗氏檸檬酸桿菌引起的主要癥狀為：病蝦不攝食，螯足無力，行動遲緩，應激能力較弱;部分個體體表變黑，甲殼內壁無白斑及其他明顯癥狀;解剖可見肝胰臟顔色淡黃，腸道內無食。
嗜水氣單胞菌引起的主要癥狀為：開始發病時，病蝦螯足無力，行動遲緩，甲殼內壁無白斑及其他明顯癥狀;解剖可見肝胰臟腫大，腸道內無食。發病初期死亡率不高，死亡數量逐漸提高，高峰期死亡率高達40%。
〖防治方法〗①第一天全池潑灑“酶合電解多維”或“葡聚糖包膜維C”，隔4～8小時后全池潑灑“底立爽”或“中博高”，第二天全池潑灑“鱖魚康”或“聚維酮碘溶液”;②第一天全池潑灑“精品一元笑”，第二天全池潑灑“濃戊二醛溶液”或“頂典”;③潑灑外用藥物時，同時口服“服爾康(或鹽酸多西環素或恩諾沙星粉)+肝膽利康散+酶合電解多維”3～5天。
〖注意事項〗①該病多發生在5月左右，也常與固著類纖毛蟲病并發;②副溶血弧菌引起的小龍蝦患病其主要原因是投喂冰鮮海水雜魚;③治愈后，為防止病情反復，建議全池潑灑“活力66”或“雙效粒粒底改素”以改良水質和底質。
4、鰲蝦瘟
〖病原〗絲囊霉菌屬的變形藻絲囊霉(Aphanomycesastaci)，又稱龍蝦瘟疫真菌。
〖主要癥狀〗鰲蝦瘟(Crayfishplague)是危害小龍蝦的高度傳染病，實驗條件下可感染中華絨螯蟹。患鰲蝦瘟的病蝦主要表現為失去正常的厭光性，如白天在開闊水域可見到病蝦，有些運動完全失調，背朝下且不易糾正其姿態。臨床下，患病鰲蝦在薄表皮透明區域下面的局部肌肉組織，特別是前腹部和足關節處初期會變白，并經常伴隨局部的褐色黑化，這是最常見的癥狀。
〖防治方法〗第一天全池潑灑“精品一元笑”或“水立爽”，第二天全池潑灑“每立克”，第三天全池潑灑“鱖魚康”;外用藥物時同時口服“服爾康(或鹽酸多西環素)+肝膽利康散+酶合電解多維”3～5天。
〖注意事項〗治療時或治愈后須注意使用氧化類改水劑如“中博高”或“底立爽”等消除養殖水體的有機污物。