小龍蝦細菌病是最常見、分布最廣的一類病害，由許多兼性寄生細菌侵染引起。從小龍蝦上分離到的細菌有10屬，包括不動桿菌屬(Acinetobacter)、氣單胞(Aeromonas)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、枸櫞酸桿菌屬(Citrobacter)、棒狀桿菌屬(Corynebacterium)、黃桿菌屬(Flavobacterium)、微球菌屬(Micrococcus)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、葡萄球菌屬(Staphylococcus)和弧菌屬(Vibrio)。
1 小龍蝦細菌疾病的種類
1.1 腸道細菌性感染
由多種細菌組成小龍蝦腸道內的正常微生物菌群，主要有枸櫞酸桿菌屬(Citrobacter)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、不動桿菌屬(Acinetobacter)、腸桿菌屬(Enterobacter)和產堿桿菌屬(Alcaligenes)的細菌。
1.2 甲殼病
小龍蝦甲殼病與細菌和真菌有關。當外骨骼被侵蝕時可致小龍蝦死亡。該病害由氣單胞菌屬(Aeromonas)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、黏細菌(Myxobacteria)、枸櫞酸桿菌屬(Citrobacter)的細菌引起。
1.3 爛鰓病
小龍蝦鰓表面通常會附著絲狀藻類或者革蘭陰性菌，還可能存在一些原生生物，在正常情況下，鰓上附著這些微生物不會導致嚴重后果。但是，小龍蝦爛鰓病的發生通常與養殖環境水質惡化有關，如果不采取適當措施控制養殖水質，細菌就會在鰓部大量增殖而導致鰓組織腐爛，直接影響鰓組織對水過濾和對氧氣吸收功能，進而導致小龍蝦機體缺氧而窒息死亡。
1.4 菌血癥
在小龍蝦的血淋巴中可以檢查到大量弧菌屬(Vibrio)、氣單胞菌屬(Aeromonas)和假單胞菌屬(Pseudomonas)的細菌，但是，現在還難以肯定在小龍蝦血淋巴中觀察到細菌是否意味著就是病原菌， 因為小龍蝦是并沒有顯示出任何生病癥狀。小龍蝦菌血癥的臨床癥狀只有在瀕臨死亡的小龍蝦中才能觀察到，主要表現為患病小龍蝦意識喪失，并呈現麻痹狀態。
2 不同細菌引起的病害
2.1 螯蝦立克次體(Coxiella cheraxi)
感染小龍蝦的類立克次體有兩種類型：第一種類型立克次體在小龍蝦體內全身分布，屬于系統感染，這類立克次體被命名為螯蝦立克次體(Coxiella cheraxi)，除了感染小龍蝦外，也與澳洲淡水龍蝦(Cherax quadricarinatus)的大量死亡相關的。第二種類型立克次體僅感染小龍蝦肝胰腺上皮，在其他的淡水螯蝦中尚未發現。
2.2 螺原體(Spiroplasma)
螺原體是小的、螺旋形細菌，與節肢動物，蜱蟲和植物有關，至今已描述40種。螺原體(Spiroplasma spp.)作為雄性昆蟲上的微生物，能干擾一些昆蟲種群的性別比。至今，沒有提供證據證明， 螺原體能干擾小龍蝦的性別比例的實例，通過 16 s rDNA 序列分析證明了引起小龍蝦患病是螺原體，合成的 171 bp PCR 產物與中華絨螯蟹螺原體有99%一致，這表明它們之間有很近的血緣關系。
2.3 弧菌屬(Vibrio)
引起小龍蝦死亡的弧菌(Vibrio spp.)有2種。最小弧菌(Vibrio mimicus)是引起小龍蝦死亡的主要病原，而霍亂弧菌(Vibrio cholerae)對小龍蝦的致病力弱，病死率低。該病害是系統性侵染，存在于血淋巴中，生病小龍蝦除了嗜睡外，沒有特殊外部的癥狀。
小龍蝦感染弧菌引起病害癥狀表現為全身無力、趴邊、離岸死亡，發病嚴重時可導致整個池塘龍蝦全部死亡。發病期從 4 月底開始。此外，人們如果攝食被弧菌侵染的未煮熟小龍蝦能導致人類的腸胃炎。
2.4 氣單胞菌屬(Aeromonas)
在小龍蝦養殖環境中，嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila)無處不在，它也與魚類和甲殼類動物的病害有關，偶爾引起人類疾病。該細菌可從健康小龍蝦上分離到，被認為是潛在的病原菌。氣單胞菌(Aeromonas caviae)引起出血病、爛眼癥、甲殼潰爛病，嗜水氣單胞菌感染也能引起腸炎和水腫病、爛尾病和偷死癥。